Museum Jan Cunen richt zich op haar bijzondere collectie negentiende-eeuwse schilderkunst en op het cultuurhistorische Verhaal van Oss. Hedendaagse kunst zal in alle museumactiviteiten een belangrijke rol blijven spelen, maar dan steeds in relatie tot de twee basisthema’s. Bijzondere aandacht blijft uitgaan naar museumeducatie voor jeugd en senioren.
Met ingang van 1 januari 2016 is Museum Jan Cunen geen gemeentelijke organisatie meer maar een zelfstandige stichting. Museum Jan Cunen wil met haar museale activiteiten midden in de samenleving staan en bijdragen aan het creatieve vermogen en de sociaaleconomische ontwikkeling van Oss en Maasland, met behoud van de goede naam die is opgebouwd bij een landelijk kunstpubliek.
In de fusie van regionale, nationale en internationale verhalen van beeldende kunst, cultuur en lokale geschiedenis vindt Museum Jan Cunen zijn missie. Het Brabantse museum wil deze op eigentijdse wijze voor een breed publiek toegankelijk en beleefbaar maken.